Все хозяйственно-бытовые и промышленные сточные воды, поступающие в городскую систему канализации Москвы, проходят полный цикл очистки на Курьяновских, Люберецких, Южнобутовских и Зеленоградских очистных сооружениях, что исключает сброс неочищенных сточных вод в природные водоемы.
После включения с 1 июля 2012 года в состав Москвы земельных участков Троицкого и Новомосковского административных округов объекты водопроводно-канализационного хозяйства на данных территориях переданы в аренду АО "Мосводоканал". В последующем планируется оформление этих объектов в хозяйственное ведение предприятия. На сегодняшний день на территории ТиНАО находятся 23 канализационных очистных сооружения. Для достижения нормативного качества очистки сточных вод реализуется планомерная реконструкция либо строительство новых очистных сооружений на месте существующих в ТиНАО г.Москвы.
Высокая степень очистки городских стоков обеспечивает постоянное снижение массы загрязняющих веществ, сбрасываемых в водные объекты. На очистных сооружениях применяются современные методы обработки осадка: сгущение осадка на ленточных сгустителях, сбраживание в метантенках, уплотнение и обезвоживание на центрифугах (декантерах).