К концу 1987 года общая подача питьевой воды в город превысила шесть миллионов кубических метров в сутки и доля водопроводных станций в общей подаче почти выровнялась.
Анализ демографической ситуации показал, что в 90-е годы прошлого века численность населения оставалась на высоком уровне, а это означало, что не следовало ожидать снижения уровня потребления питьевой воды в Москве.
Преобразования, начавшиеся в 90-е годы, затронули все стороны политической и социально-экономической жизни общества:
Утверждается Генеральная схема водоснабжения Москвы на период до 2010 года. Приоритетным направлением здесь было сокращение водопотребления в столице к 2010 году до 5,3 миллионов кубических метров в сутки. Предлагалось повысить надежность водообеспечения жителей Москвы путем выполнения комплекса мероприятий по водоподготовке и транспортировке воды - дополнить традиционную технологическую схему новыми методами очистки воды, повысить работоспособность системы транспортировки воды, используя современные методы восстановления трубопроводов, включая бестраншейные методы.
Начиная с 1996 года, наметились тенденции на снижение потребления воды городом, что позволило начать поэтапную реконструкцию и модернизацию действующих очистных сооружений для повышения качества очищаемой воды. Традиционную технологическую схему водоподготовки дополнили фильтрами с активированным гранулированным углем в сочетании с озонированием.
В 2002 году на Рублевской водопроводной станции был введен новый блок производительностью 240 тысяч кубометров воды в сутки, запроектированный по новой технологической схеме.
В 2006 году вводится в эксплуатацию Юго-Западная водопроводная станция, в технологической схеме которой впервые в России применили технологию озонирования в сочетании с сорбцией и мембранной ультрафильтрацией. Станцию построили по инвестиционному проекту (финансовой модели "ВООТ" – строить, владеть, эксплуатировать, передавать), предусматривающему ее последующую передачу в собственность города Москвы.
